ВИДОВАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ НЕТУБЕРКУЛЕЗНЫХ МИКОБАКТЕРИЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ И ПОЛНОГЕНОМНОГО NGS СЕКВЕНИРОВАНИЯ: СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ

Аннотация

Цель исследования: провести сравнительный анализ результатов видовой идентификации нетуберкулезных микобактерий, полученных разными методами – MALDI-TOF масс-спектрометрии и полногеномного секвенирования на платформе NGS (WGS).
Материалы и методы: изоляты нетуберкулезных микобактерий (НТМ) выделены из образцов клинического материала, полученного от 94 пациентов, проходивших дифференциальную диагностику туберкулеза и других заболеваний органов дыхания в ФГБУ «НМИЦ ФПИ» Минздрава России. Культуральное исследование и пробоподготовка
проводились согласно стандартным методикам. Видовую идентификацию изолятов НТМ проводили с помощью методов MALDI-TOF масс-спектрометрии, с помощью нализатора Microflex LT (Bruker Daltonics, Германия) и WGS на приборе MGISEQ-200RS (BGI, Китай) согласно инструкциям производителей. Обработка данных секвенирования проводилась пакетом программ – basecalling, FastQC, FastP, Kraken2, BWA MEM, Samtools, Snippy, snpEff, Clustal Omega, iTOL.
Заключение. Полное совпадение результатов видовой идентификации НТМ методами MALDI-TOF масс-спектрометрии и WGS было выявлено для 88 из 94 изолятов. Расхождение при видовой идентификации НТМ методом MALDI-TOF масс-спектрометрии в сравнении с методом секвенирования, как «золотого» стандарта низкая и составила 6,38%

Annotation

Objective: comparatively analyze the results of species identification of nontuberculosis mycobacteria obtained by different methods — MALDI-TOF mass spectrometry and whole-genome sequencing on the NGS (WGS) platform.
Materials and methods: isolates of nontuberculosis mycobacteria (NTM) were isolated from samples of clinical material obtained from 94 patients undergoing differential diagnosis of tuberculosis and other respiratory diseases in FGBU “NMRC FPI” of the Ministry of Health of the Russian Federation. Culture and sample preparation were performed according to standard methods. Species identification of NTM isolates was performed by MALDI-TOF mass spectrometry, using Microflex LT (Bruker Daltonics, Germany) and WGS on MGISEQ-200RS (BGI, China) according to the manufacturer’s instructions. Sequencing data processing was performed with a package of programs — basecalling, FastQC, FastP, Kraken2, BWA MEM, Samtools, Snippy, snpEff, Clustal Omega, iTOL.
Conclusion. Complete concordance of NTM species identification by MALDI-TOF mass spectrometry and WGS was found for 88 out of 94 isolates. The discrepancy in NTM species identification by MALDI-TOF mass spectrometry compared to sequencing as the “gold” standard is low and amounted to 6.38%

Об авторах

Список литературы

Ключевые слова